El museo ofrece a sus visitantes exposiciones permanentes y temporales, talleres, charlas y diversas actividades culturales encaminadas a reflexionar en torno a la construcción de la identidad y la diversidad.
En sus salas de sitio se exhibe la exposición Antigua Cárcel Municipal de León, en donde se aborda el cambio de paradigma a mediados del siglo XIX e inicios del siglo XX en torno a la vigilancia de la sociedad y el castigo de los delitos, así como su implicación histórica en la región. Emulando aquéllos supuestos pedagógicos entorno a la vigilancia y el castigo, las salas de sitio tienen un carácter didáctico a través de la recuperación histórica y patrimonial que rescata los orígenes del recinto, sus usos y las múltiples historias personales de los presidiarios.
